民國80年    成立高雄海專澎湖分部，設水產養殖科、航運管理科。

民國81年    增設航運管理科二專夜間部。

民國82年    增設觀光事業科、水產養殖科二專夜間部，教學行政大樓正式啟用。

民國83年    增設資訊管理科、電訊工程科。

民國84年    正式獨立設校為國立澎湖海事管理專科學校。

民國87年    增設資訊工程科，實驗大樓完工啟用。

民國88年    觀光事業科廢止，設立休閒事業管理科、餐旅管理科、應用外語科。

民國89年    改制為國立澎湖技術學院，圖書資訊大樓完工使用。

民國91年    增設觀光學系、運輸與物流管理學系、電子工程學系及食品科學系。

民國92年    增設水產養殖學系、航運管理學系二技進修部、休閒事業管理科二專夜間部。

民國93年    增設海洋運動與管理學系、休閒事業管理學系及資訊管理學系四技進修部，水產養殖科、航運管理科、休閒事業管理科二專夜間部停招，體育館暨學生活動中心完工啟用。

民國94年    升格為國立澎湖科技大學，增設服務業經營管理研究所、水產養殖科二專夜間部，水產養殖學系二技進修部停招，電子工程學系改名為電機工程學系，運輸與物流管理學系改名為行銷與物流管理學系。

民國95年    觀光學系停招與休閒事業管理學系合併並改名為觀光休閒學系－休閒組、觀光組，海洋運動與管理學系改名為海洋運動與遊憩學系，增設海洋創意產業研究所，航運管理學系二技進修部停招。

民國96年    增設觀光休閒事業管理研究所，教學大樓完工啟用。

民國97年    增設電資研究所、服務業經營管理研究所在職專班、食品科學研究所。

民國98年    增設資管產學攜手四技專班，觀光休閒系原以觀光、休閒各一組招生，變更為觀光休閒系二班招生不分組。

民國100年   海洋創意產業研究所改名為水產資源與養殖研究所。